Υβριδοποίησης του κλωνοποιημένου DNA σε άθικτη κατάσταση χρωμοσώματα, όπου το κλωνοποιημένο DNA έχει έχουν σήμανση με χρωστική ουσία φθορισμού. Αυτή είναι η κύρια μέθοδος της φυσικής χαρτογράφησης κλωνοποιημένο κατακερματισμένων τμημάτων DNA στα χρωμοσώματα.