الملوثات التي تتشكل في الغلاف الجوي نتيجة للتفاعلات الكيميائية. غالباً ما تكون الملوثات الثانوية للتأكسد الكيميائية الضوئية مثل الأوزون أو ثاني أكسيد النيتروجين، أو عناصر من الأمطار الحمضية مثل حمض الكبريتيك أو حمض النتريك.